Der Körper hat normalerweise einen ganzen Komplex an Schutzmechanismen, welche den Dünndarm vor einer Überbesiedlung bewahren sollen:
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Magensäuresekretion
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wellenförmige Bewegungen der Darmwand
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Immunglobuline im Dünndarmsaft
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eine Klappe, welche in den Dickdarm führt, aber einen Rückfluss normalerweise verhindert
Oft handelt es sich bei der Entstehung einer Dünndarmfehlbesiedlung um einen Ursachenkomplex. Es werden also mehrere der Schutzmechanismen außer Kraft gesetzt.
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